Yn 1940, cyfrannwyd casgliad bach ond pwysig o bethau o Gasgliad Dinas Bangor i’r Amgueddfa. Y rhain oedd yr unig bethau oedd ar ôl o gasgliad y Capten John Jones a roddwyd i’r Ddinas yn 1870. Roedd John Jones (1798 – 1876) yn gapten llwyddiannus o Lerpwl a fu’n casglu pethau o bedwar ban byd ac a sefydlodd ei amgueddfa ei hun ym Mangor. Roedd honno’n bodoli yn 1848. Casgliad preifat idiosyncratig oedd hwn ac ynddo ddarluniau, mwynau, eitemau ethnograffig, llofnodion, dodrefn a phob math o bethau amrywiol.
Yr Amgueddfa pan oedd ar y Stryd Fawr, Bangor
Yn 1909, symudwyd Amgueddfa’r Ddinas i ystafelloedd a oedd newydd eu hadeiladu y tu ôl i’r llyfrgell newydd yn Ffordd Gwynedd (sydd wrthi’n cael ei hadnewyddu ar hyn o bryd). Bu gostyngiad yn nifer yr ymwelwyr a bu’r Amgueddfa ar gau yn ystod yr 1920au a’r 1930au. Yn 1939, cytunodd Cyngor y Ddinas i gydweithio â’r Brifysgol a oedd yn agor eu Hamgueddfa i’r cyhoedd yn hen Ysgol Sirol y Merched yn Ffordd y Coleg. Mae’r model o Bont y Borth ac arwydd tafarn y Four Alls a welir yn yr Amgueddfa yn rhan o gasgliad y ddinas.